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液相杂交捕获甲基化测序(LHC-BS)

项目介绍

液相杂交捕获甲基化测序(Liquid Hybridization Capture-based Bisulfite Sequencing, LHC-BS)是将液相杂交捕获技术和重亚硫酸盐Bisulfite测序技术相结合,对目标序列进行单碱基分辨率的甲基化测序。目前较为商业化的SeqCap Epi CpGiant Enrichment,针对人的启动子及CpG岛区域的产品,覆盖区域为84M,检测3.7MCpG位点。靶向区域甲基化测序降低了测序通量, 一般测序量为10Gb, 同时检测区域也是甲基化研究的主要目标序列,因此是目前研究基因组甲基化非常有用的方法。




技术优势

DNA甲基化检测非常有用的工具

靶向测序检测区域更为灵活

单碱基分辨率,检测每个C碱基的甲基化状态

适合所有有参考基因组的物种





科学方案设计


从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析,

每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;
科学、缜密的设计;及时高效的沟通;以保障高质量研究成果。

LHC1.png

样本要求:基因组DNA: >= 3 ug;样品浓度>30 ng/ul;无RNA和蛋白污染

建库测序:测序策略:Illumina HiSeq, PE150;测序数据:>=10GB

信息分析

基于启动子、CpG岛甲基化分析,数据质控、5mC Calling,

多样本甲基化差异聚类,

差异甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析,

结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。









用心服务好每一个项目

最早探索及设计液相捕获方向进行甲基化研究的团队

已完成多个人启动子液相杂交捕获甲基化测序项目

助力客户在BMC GenomicsTechnol Cancer Res TreatClinical EpigeneticsHuman ReproductionScientific reports等权威杂志发表多篇论文。

“专业的技术支持,严格的实验把关,丰富的项目经验,高效的沟通机制”,用心服务好每一个项目。






液相杂交捕获甲基化测序(LHC-BS)案例展示

案例分析(团队成员发表)

Global analysis of DNA methylation in hepatocellular carcinoma by a liquid hybridization capture-based bisulfite sequencing approach. Clin Epigenetics. 2015; 21;7:86. (IF=4.327)

一、研究背景

表观遗传学改变, 特别是启动子和增强子区域的异常DNA甲基化, 往往导致基因表达异常, 并与癌症发生有关。在肝癌(HCC), 全基因组甲基化检测直到最近才被使用。为了更好地理解肝癌的发生机制,我们应用更高分辨率的启动子序列甲基化筛选HCC中甲基化异常的基因。

二、方法流程

1、取材:8HCC癌组织与癌旁组织

2、测序:启动子液相捕获甲基化测序(LHC-BS)

         转录组测序(RNA-Seq)

3、验证:高通量BSP:差异甲基化基因

         RTq-PCR:差异表达基因

4、功能:

三、研究结果

1) 利用液相杂交捕获亚硫酸氢盐测序(LHC-BS)技术对8对肝癌及癌旁组织进行甲基化检测,实现了1.86MCpG位点定量分析;

2) 通过差异甲基化区域(DMR)与差异表达基因(DEG)关联分析,鉴定了12DMR相关基因;

3) 并进一步利用高通量BSP方法验证另外78HCC对的分析证实,7个基因在HCC中显示启动子高甲基化(SMAD6IFITM1LRRC4CHST4TBX15)或低甲基化(CCL20NQO1)

四、研究结论

基于液相杂交捕获启动子结合亚硫酸氢盐测序(LHC-BS)技术的甲基谱分析方案提供了一种成本有效的方法来鉴定人肝癌中可能有助于肝癌发生的候选基因;另外,我们的工作有利于理解肝癌发生和发展的潜在表观遗传过程。

                                             


                                                         图1. 8HCC甲基化聚类分析                                                                                    2. 12个差异甲基化验证及组成份分析

 

       


 图3. 差异甲基化基因及表达水平检测                                                                                              4. 甲基化抑制剂恢复基因表达水平

  


 



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